O objetivo deste programa é avaliar a influência das atividades da Central Nuclear sobre o ecossistema marinho.

O monitoramento da fauna e flora marinha avalia os diversos níveis da cadeia alimentar. Esse trabalho inclui o plâncton (seres microscópicos), os bentos (organismos que vivem no fundo marinho) e o necton (seres que se locomovem livremente no mar).

A equipe de biólogos faz regularmente trabalhos de campo que incluem a identificação e a contagem de espécies no mar, além da coleta de amostras para análise no laboratório.

A diversidade de espécies e a quantidade de organismos observados são registradas e comparadas com os dados obtidos nos anos anteriores e, também, no período em que as usinas ainda não estavam em funcionamento, chamado de pré-operacional. Isso permite avaliar a integridade destas comunidades marinhas.

Como toda a região possui uma forte atividade turística e industrial, também são realizados estudos em áreas dsitantes da influência das usinas, chamadas de áreas controle. O objetivo é avaliar se alguma alteração observada nas condições ambientais é decorrente apenas das atividades da Central Nuclear.

Além disso, os parâmetros físico-químicos da água do mar, como temperatura, salinidade e oxigênio dissolvido, também são monitorados regularmente.

Esse programa é suportado pelas seguintes atividades:

Monitoração na área de Plancton (Fitoplancton, Zooplancton, Água do mar)
Monitoração na área de Benthos (Fitobenthos, Estudo de Zonação, Zoobenthos de "costão", Zoobenthos de "fundo", Coleção de Fitobenthos e Zoobenthos)
Monitoração na área de Necton (Coleta por arrasto de fundo, Coleta por "Covo", Coleção de Necton)